濾芯過濾器與濾袋過濾器兩者都屬于沉積物過濾器，它們減少了流體過濾輸送的沉積物的量，很多人在選擇過濾器的時候總是會在選濾芯過濾器還是濾袋過濾器之間糾結，實際上，這并沒有什么值得糾結的地方，濾芯式過濾器的選擇取決于應用。污染低于100ppm的系統，也就是污染水平低于0.01％重量的系統，濾芯是優選的；要過濾相似尺寸顆粒的沉淀物，則表面過濾器最好；袋式過濾器通常用于工業應用中的除雜質、除塵。
一個經驗法則是，對于高于5mg/m3的濃度，表面過濾器是有利的，而對于低于0.5mg/m3的濃度，優選深度型過濾器；通常，表面過濾器可以使得反洗和清潔更容易，而深度型過濾器通常有一定的使用壽命。
濾芯過濾器與袋式過濾器之間的應用區別對比為：
一、液體過濾上的應用：
濾芯式過濾器：散裝化學品、石油化學產品、凈水、液壓油、化妝品/藥品、試劑級化學品、油漆，清漆、半導體、糖、電力公司、漆/清漆、經常用作最終過濾、經過其他過濾器；袋式過濾器：散裝化學品、食品工業（植物油，醋）、半導體、冷卻劑、清洗液、油漆、清漆、蠟、塑料溶膠；
二、氣體過濾上的應用：除塵工業、氣氛、壓縮空氣過濾：大氣中的灰塵，煙霧，煙霧，系統中的固體污染物、經常用作最終過濾、經過其他過濾器；
袋式過濾器：除塵工業；
三、濾元材質
濾芯式過濾器取決于墨盒過濾器的類型；
袋式過濾器：尼龍、聚丙烯、聚酯纖維、多孔PTFE膜。